S’étendant sur une dizaine de mètres, les trois fontaines sont alimentées par trois sources distinctes. L’une est dédiée à saint Malo, la deuxième à la Vierge et la troisième à saint Mathurin. À l’origine, il n’y aurait eu qu’une seule fontaine. La présence des trois fontaines est expliquée par le martyr de saint Paul : la légende raconte qu’à la Sainte-Trinité, en tant que citoyen romain, il aurait été décapité. Sa tête aurait rebondi trois fois, donnant naissance à trois sources. Le chiffre trois fait également référence à la Sainte-Trinité (le Père, le Fils et l’Esprit Saint).
Pendant l’Occupation (1940-1944), comme le gasoil et l’essence étaient strictement rationnés, les entrepreneurs de battage avaient remis en marche les locomotives à vapeur. Un jour, à Saint-Malo-des-Trois-Fontaines, un chauffeur voyant que l’eau s’évaporait trop vite, avait suggéré à son employeur d’utiliser l’eau des fontaines. L’histoire ne dit pas si l’entrepreneur écouta les conseils de son employé et si l’issue fut positive. On raconte également que l’eau d’une des fontaines ne bout pas.
La dernière restauration des fontaines date de 2011. Le site a été repensé et aménagé à cette occasion.
